Il Museo Civico di Foggia, ospitato all'interno di Palazzo Arpi, è strutturato in diverse sezioni, disposte sui vari livelli della struttura, che dalla sezione Archeologica, che ospita i reperti del Villaggio Neolitico più antico d'Europa, il villaggio trincerato di Passo di Corvo, alle opere ospitate nella Pinacoteca Comunale, passando per la sezione Etnografica, il Lapidarium e la sezione Stampe.
Al piano terra, nella sezione intitolata all'archeologa Marina Mazzei, è allestita la Sala della Gorgone, che conserva al suo interno la Tomba dei Cavalieri e la tomba della Medusa, provenienti dal sito archeologico di Passo di Corvo. Tra gli altri reperti di origine dauna, ricordiamo le preziose ceramiche a figure rosse del pittore di Arpi e le tipiche stele daunie, le lastre decorate che i dauni usavano come monumento funerario.
Al piano superiore trova spazio la sezione Etnografica, con la ricostruzione della casa di una tessitrice, oltre a gioielli prodotti dagli orafi di Monte Sant'Angelo e San Marco in Lamis appartenenti a cittadini foggiani che ne hanno fatto dono al museo. In mostra anche oggetti sacri e ceramiche, oltre a dipinti e abiti femminili del primo Novecento.
Infine la Sezione Stampe custodisce una ricca collezione di incisioni del XVII e XVIII secolo, mentre la Pinacoteca conserva importanti opere di importanti artisti foggiani come Francesco Saverio Altamura, Domenico Caldara, Vincenzo Dattoli, oltre a quelle di artisti napoletani e di scuola meridionale di varie epoche fino all'ottocento, come Renato Guttuso e Giusepppe De Nigris.