Il Museo Nazionale Archeologico di Manfredonia, ospitato all'interno del Castello Svevo-Angioino, conserva preziosi reperti che attestano la presenza dell'uomo nel territorio della Daunia sin dal Neolitico.
L'esposizione si articola in un percorso che mostra la storia dell'antico territorio sipontino e garganico.
Nella sala Siponto sono raccolti i reperti ritrovati durante gli scavi al Parco Archeologico di Siponto, che nell'arco di dieci anni hanno riportato alla luce testimonianze della vita quotidiana nella Siponto Vetus, con resti di abitazioni, di un impianto produttivo e di una chiesa con la relativa zona sepolcrale: uno spaccato della ricca realtà socio economica dell'antica città portuale.
Un'intera sezione, ospitata nella Torre Quadrata, è dedicata all'archeologia subacquea e ai reperti ritrovati lungo i litorali della Daunia, integrata da una parte didattica in cui vengono spiegate le metodologie e le tecniche di ricerca. Oltre alla ricostruzione di un fondale marino e di un'imbarcazione, le numerose anfore da trasporto esposte documentano quanto intensi fossero i commerci lungo le rotte adriatiche della Daunia romana.
Ma l'autentico tesoro conservato al Museo sono le oltre 1500 stele daunie, risalenti al VII-VI secolo, che rappresentano una tra le più importanti collezioni di arte protostorica che il nostro paese possa vantare. Le stele, lastre rettangolari in pietra calcarea decorate da ornati geometrici e scene figurate, erano monumenti funerari tipici della cultura daunia, ove erano raffigurate scene di vita quotidiana, o rituali, o di lotta, che rendono possibili la conoscenza non solo degli aspetti di vita domestica di questo popolo, ma anche del loro universo religioso e spirituale. Le stele potevano essere completate da teste incise con i tratti schematizzati dei volti maschili e femminili, o lisce; e vi erano rappresentati i corredi funebri tipici del rango e del sesso dei defunti, che potevano consistere in ornamenti e monili o armi e oggetti legati alla battaglia. Oltre alla collezione permanente, il museo ospita importanti mostre temporanee, come quella realizzata nella primavera 2012, dal titolo Venti del Neolitico - Uomini del rame: racconti dalla preistoria.