- Cripta

Rilevante è l'edificazione dalla cripta che accoglie le spoglie di Santa Margherita, ma anche un altare laterale dove giacciono le spoglie del Cardinale Marco Antonio Barbarigo.

La tradizione racconta che Santa Margherita fu martirizzata e sepolta ad Antiochia alla fine del III secolo, ma nel X secolo, un pellegrino di Pavia ne trafugò le reliquie per portarle nella sua città. Tuttavia durante il viaggio di ritorno, percorrendo la Via Francigena, si ammalò e fu costretto a fermarsi a Montefiascone, dove morì.

Questo evento fu letto come il segno che la santa aveva scelto Montefiascone come luogo in cui le proprie reliquie avrebbero dovuto essere conservate e venerate. A tale scopo quindi fu subito eretta una chiesa sul Colle Falisco, che ben presto divenne la più importante di Montefiascone, tanto da essere elevata a cattedrale nel 1369 da papa Urbano V.